Attenzione: i dati modificati non sono ancora stati salvati. Per confermare inserimenti o cancellazioni di voci è necessario confermare con il tasto SALVA/INSERISCI in fondo alla pagina
IRIS
Here, as part of the Pan-Cancer Analysis of Whole Genomes (PCAWG) Consortium, for which whole-genome and—for a subset—whole-transcriptome sequencing data from 2,658 cancers across 38 tumor types was aggregated, we systematically investigated potential viral pathogens using a consensus approach that integrated three independent pipelines. Viruses were detected in 382 genome and 68 transcriptome datasets. We found a high prevalence of known tumor-associated viruses such as Epstein–Barr virus (EBV), hepatitis B virus (HBV) and human papilloma virus (HPV; for example, HPV16 or HPV18). The study revealed significant exclusivity of HPV and driver mutations in head-and-neck cancer and the association of HPV with APOBEC mutational signatures, which suggests that impaired antiviral defense is a driving force in cervical, bladder and head-and-neck carcinoma. For HBV, HPV16, HPV18 and adeno-associated virus-2 (AAV2), viral integration was associated with local variations in genomic copy numbers. Integrations at the TERT promoter were associated with high telomerase expression evidently activating this tumor-driving process. High levels of endogenous retrovirus (ERV1) expression were linked to a worse survival outcome in patients with kidney cancer.
The landscape of viral associations in human cancers
Zapatka M.;Borozan I.;Brewer D. S.;Iskar M.;Grundhoff A.;Alawi M.;Desai N.;Sultmann H.;Moch H.;Alawi M.;Borozan I.;Cooper C. S.;Desai N.;Eils R.;Ferretti V.;Grundhoff A.;Iskar M.;Kleinheinz K.;Lichter P.;Nakagawa H.;Ojesina A. I.;Pedamallu C. S.;Schlesner M.;Su X.;Zapatka M.;Eils R.;Ferretti V.;Lichter P.;Aaltonen L. A.;Abascal F.;Abeshouse A.;Aburatani H.;Adams D. J.;Agrawal N.;Ahn K. S.;Ahn S. -M.;Aikata H.;Akbani R.;Akdemir K. C.;Al-Ahmadie H.;Al-Sedairy S. T.;Al-Shahrour F.;Alawi M.;Albert M.;Aldape K.;Alexandrov L. B.;Ally A.;Alsop K.;Alvarez E. G.;Amary F.;Amin S. B.;Aminou B.;Ammerpohl O.;Anderson M. J.;Ang Y.;Antonello D.;Anur P.;Aparicio S.;Appelbaum E. L.;Arai Y.;Aretz A.;Arihiro K.;Ariizumi S. -I.;Armenia J.;Arnould L.;Asa S.;Assenov Y.;Atwal G.;Aukema S.;Auman J. T.;Aure M. R. R.;Awadalla P.;Aymerich M.;Bader G. D.;Baez-Ortega A.;Bailey M. H.;Bailey P. J.;Balasundaram M.;Balu S.;Bandopadhayay P.;Banks R. E.;Barbi S.;Barbour A. P.;Barenboim J.;Barnholtz-Sloan J.;Barr H.;Barrera E.;Bartlett J.;Bartolome J.;Bassi C.;Bathe O. F.;Baumhoer D.;Bavi P.;Baylin S. B.;Bazant W.;Beardsmore D.;Beck T. A.;Behjati S.;Behren A.;Niu B.;Bell C.;Beltran S.;Benz C.;Berchuck A.;Bergmann A. K.;Bergstrom E. N.;Berman B. P.;Berney D. M.;Bernhart S. H.;Beroukhim R.;Berrios M.;Bersani S.;Bertl J.;Betancourt M.;Bhandari V.;Bhosle S. G.;Biankin A. V.;Bieg M.;Bigner D.;Binder H.;Birney E.;Birrer M.;Biswas N. K.;Bjerkehagen B.;Bodenheimer T.;Boice L.;Bonizzato G.;De Bono J. S.;Boot A.;Bootwalla M. S.;Borg A.;Borkhardt A.;Boroevich K. A.;Borozan I.;Borst C.;Bosenberg M.;Bosio M.;Boultwood J.;Bourque G.;Boutros P. C.;Bova G. S.;Bowen D. T.;Bowlby R.;Bowtell D. D. L.;Boyault S.;Boyce R.;Boyd J.;Brazma A.;Brennan P.;Brinkman A. B.;Bristow R. G.;Broaddus R. R.;Brock J. E.;Brock M.;Broeks A.;Brooks A. N.;Brooks D.;Brors B.;Brunak S.;Bruxner T. J. C.;Bruzos A. L.;Buchanan A.;Buchhalter I.;Buchholz C.;Bullman S.;Burke H.;Burkhardt B.;Burns K. H.;Busanovich J.;Bustamante C. D.;Butler A. P.;Butte A. J.;Byrne N. J.;Borresen-Dale A. -L.;Caesar-Johnson S. J.;Cafferkey A.;Cahill D.;Calabrese C.;Caldas C.;Calvo F.;Camacho N.;Campbell P. J.;Campo E.;Cantu C.;Cao S.;Carey T. E.;Carlevaro-Fita J.;Carlsen R.;Cataldo I.;Cazzola M.;Cebon J.;Cerfolio R.;Chadwick D. E.;Chakravarty D.;Chalmers D.;Chan C. W. Y.;Chan K.;Chan-Seng-Yue M.;Chandan V. S.;Chang D. K.;Chanock S. J.;Chantrill L. A.;Chateigner A.;Chatterjee N.;Chayama K.;Chen H. -W.;Chen J.;Chen K.;Chen Y.;Chen Z.;Cherniack A. D.;Chien J.;Chiew Y. -E.;Chin S. -F.;Cho J.;Cho S.;Choi J. K.;Choi W.;Chomienne C.;Chong Z.;Choo S. P.;Chou A.;Christ A. N.;Christie E. L.;Chuah E.;Cibulskis C.;Cibulskis K.;Cingarlini S.;Clapham P.;Claviez A.;Cleary S.;Cloonan N.;Cmero M.;Collins C. C.;Connor A. A.;Cooke S. L.;Cope L.;Corbo V.;Cordes M. G.;Cordner S. M.;Cortes-Ciriano I.;Covington K.;Cowin P. A.;Craft B.;Craft D.;Creighton C. J.;Cun Y.;Curley E.;Cutcutache I.;Czajka K.;Czerniak B.;Dagg R. A.;Danilova L.;Davi M. V.;Davidson N. R.;Davies H.;Davis I. J.;Davis-Dusenbery B. N.;Dawson K. J.;De La Vega F. M.;De Paoli-Iseppi R.;Defreitas T.;Tos A. P. D.;Delaneau O.;Demchok J. A.;Demeulemeester J.;Demidov G. M.;Demircioglu D.;Dennis N. M.;Denroche R. E.;Dentro S. C.;Desai N.;Deshpande V.;Deshwar A. G.;Desmedt C.;Deu-Pons J.;Dhalla N.;Dhani N. C.;Dhingra P.;Dhir R.;DiBiase A.;Diamanti K.;Ding L.;Ding S.;Dinh H. Q.;Dirix L.;Doddapaneni H. V.;Donmez N.;Dow M. T.;Drapkin R.;Drechsel O.;Drews R. M.;Serge S.;Dudderidge T.;Dueso-Barroso A.;Dunford A. J.;Dunn M.;Dursi L. J.;Duthie F. R.;Dutton-Regester K.;Eagles J.;Easton D. F.;Edmonds S.;Edwards P. A.;Edwards S. E.;Eeles R. A.;Ehinger A.;Eils J.;Eils R.;El-Naggar A.;Eldridge M.;Ellrott K.;Erkek S.;Escaramis G.;Espiritu S. M. G.;Estivill X.;Etemadmoghadam D.;Eyfjord J. E.;Faltas B. M.;Fan D.;Fan Y.;Faquin W. C.;Farcas C.;Fassan M.;Fatima A.;Favero F.;Fayzullaev N.;Felau I.;Fereday S.;Ferguson M. L.;Ferretti V.;Feuerbach L.;Field M. A.;Fink J. L.;Finocchiaro G.;Fisher C.;Fittall M. W.;Fitzgerald A.;Fitzgerald R. C.;Flanagan A. M.;Fleshner N. E.;Flicek P.;Foekens J. A.;Fong K. M.;Fonseca N. A.;Foster C. S.;Fox N. S.;Fraser M.;Frazer S.;Frenkel-Morgenstern M.;Friedman W.;Frigola J.;Fronick C. C.;Fujimoto A.;Fujita M.;Fukayama M.;Fulton L. A.;Fulton R. S.;Furuta M.;Futreal P. A.;Fullgrabe A.;Gabriel S. B.;Gallinger S.;Gambacorti-Passerini C.;Gao J.;Gao S.;Garraway L.;Garred O.;Garrison E.;Garsed D. W.;Gehlenborg N.;Gelpi J. L. L.;George J.;Gerhard D. S.;Gerhauser C.;Gershenwald J. E.;Gerstein M.;Gerstung M.;Getz G.;Ghori M.;Ghossein R.;Giama N. H.;Gibbs R. A.;Gibson B.;Gill A. J.;Gill P.;Giri D. D.;Glodzik D.;Gnanapragasam V. J.;Goebler M. E.;Goldman M. J.;Gomez C.;Gonzalez S.;Gonzalez-Perez A.;Gordenin D. A.;Gossage J.;Gotoh K.;Govindan R.;Grabau D.;Graham J. S.;Grant R. C.;Green A. R.;Green E.;Greger L.;Grehan N.;Grimaldi S.;Grimmond S. M.;Grossman R. L.;Grundhoff A.;Gundem G.;Guo Q.;Gupta M.;Gupta S.;Gut I. G.;Gut M.;Goke J.;Ha G.;Haake A.;Haan D.;Haas S.;Haase K.;Haber J. E.;Habermann N.;Hach F.;Haider S.;Hama N.;Hamdy F. C.;Hamilton A.;Hamilton M. P.;Han L.;Hanna G. B.;Hansmann M.;Haradhvala N. J.;Harismendy O.;Harliwong I.;Harmanci A. O.;Harrington E.;Hasegawa T.;Haussler D.;Hawkins S.;Hayami S.;Hayashi S.;Hayes D. N.;Hayes S. J.;Hayward N. K.;Hazell S.;He Y.;Heath A. P.;Heath S. C.;Hedley D.;Hegde A. M.;Heiman D. I.;Heinold M. C.;Heins Z.;Heisler L. E.;Hellstrom-Lindberg E.;Helmy M.;Heo S. G.;Hepperla A. J.;Heredia-Genestar J. M.;Herrmann C.;Hersey P.;Hess J. M.;Hilmarsdottir H.;Hinton J.;Hirano S.;Hiraoka N.;Hoadley K. A.;Hobolth A.;Hodzic E.;Hoell J. I.;Hoffmann S.;Hofmann O.;Holbrook A.;Holik A. Z.;Hollingsworth M. A.;Holmes O.;Holt R. A.;Hong C.;Hong E. P.;Hong J. H.;Hooijer G. K.;Hornshoj H.;Hosoda F.;Hou Y.;Hovestadt V.;Howat W.;Hoyle A. P.;Hruban R. H.;Hu J.;Hu T.;Hua X.;Huang K. -L.;Huang M.;Huang M. N.;Huang V.;Huang Y.;Huber W.;Hudson T. J.;Hummel M.;Hung J. A.;Huntsman D.;Hupp T. R.;Huse J.;Huska M. R.;Hutter B.;Hutter C. M.;Hubschmann D.;Iacobuzio-Donahue C. A.;Imbusch C. D.;Imielinski M.;Imoto S.;Isaacs W. B.;Isaev K.;Ishikawa S.;Iskar M.;Islam S. M. A.;Ittmann M.;Ivkovic S.;Izarzugaza J. M. G.;Jacquemier J.;Jakrot V.;Jamieson N. B.;Jang G. H.;Jang S. J.;Jayaseelan J. C.;Jayasinghe R.;Jefferys S. R.;Jegalian K.;Jennings J. L.;Jeon S. -H.;Jerman L.;Ji Y.;Jiao W.;Johansson P. A.;Johns A. L.;Johns J.;Johnson R.;Johnson T. A.;Jolly C.;Joly Y.;Jonasson J. G.;Jones C. D.;Jones D. R.;Jones D. T. W.;Jones N.;Jones S. J. M.;Jonkers J.;Ju Y. S.;Juhl H.;Jung J.;Juul M.;Juul R. I.;Juul S.;Jager N.;Kabbe R.;Kahles A.;Kahraman A.;Kaiser V. B.;Kakavand H.;Kalimuthu S.;von Kalle C.;Kang K. J.;Karaszi K.;Karlan B.;Karlic R.;Karsch D.;Kasaian K.;Kassahn K. S.;Katai H.;Kato M.;Katoh H.;Kawakami Y.;Kay J. D.;Kazakoff S. H.;Kazanov M. D.;Keays M.;Kebebew E.;Kefford R. F.;Kellis M.;Kench J. G.;Kennedy C. J.;Kerssemakers J. N. A.;Khoo D.;Khoo V.;Khuntikeo N.;Khurana E.;Kilpinen H.;Kim H. K.;Kim H. -L.;Kim H. -Y.;Kim H.;Kim J.;Kim J.;Kim J. K.;Kim Y.;King T. A.;Klapper W.;Kleinheinz K.;Klimczak L. J.;Knappskog S.;Kneba M.;Knoppers B. M.;Koh Y.;Jan Komorowski;Komura D.;Komura M.;Kong G.;Kool M.;Korbel J. O.;Korchina V.;Korshunov A.;Koscher M.;Koster R.;Kote-Jarai Z.;Koures A.;Kovacevic M.;Kremeyer B.;Kretzmer H.;Kreuz M.;Krishnamurthy S.;Kube D.;Kumar K.;Kumar P.;Kumar S.;Kumar Y.;Kundra R.;Kubler K.;Kuppers R.;Lagergren J.;Lai P. H.;Laird P. W.;Lakhani S. R.;Lalansingh C. M.;Lalonde E.;Lamaze F. C.;Lambert A.;Lander E.;Landgraf P.;Landoni L.;Langerod A.;Lanzos A.;Larsimont D.;Larsson E.;Lathrop M.;Lau L. M. S.;Lawerenz C.;Lawlor R. T.;Lawrence M. S.;Lazar A. J.;Lazic A. M.;Le X.;Lee D.;Lee D.;Lee E. A.;Lee H. J.;Lee J. J. -K.;Lee J. -Y.;Lee J.;Lee M. T. M.;Lee-Six H.;Lehmann K. -V.;Lehrach H.;Lenze D.;Leonard C. R.;Leongamornlert D. A.;Leshchiner I.;Letourneau L.;Letunic I.;Levine D. A.;Lewis L.;Ley T.;Li C.;Li C. H.;Li H. I.;Li J.;Li L.;Li S.;Li S.;Li X.;Li X.;Li X.;Li Y.;Liang H.;Liang S. -B.;Lichter P.;Lin P.;Lin Z.;Linehan W. M.;Lingjaerde O. C.;Liu D.;Liu E. M.;Liu F. -F. F.;Liu F.;Liu J.;Liu X.;Livingstone J.;Livitz D.;Livni N.;Lochovsky L.;Loeffler M.;Long G. V.;Lopez-Guillermo A.;Lou S.;Louis D. N.;Lovat L. B.;Lu Y.;Lu Y. -J.;Lu Y.;Luchini C.;Lungu I.;Luo X.;Luxton H. J.;Lynch A. G.;Lype L.;Lopez C.;Lopez-Otin C.;Ma E. Z.;Ma Y.;MacGrogan G.;MacRae S.;Macintyre G.;Madsen T.;Maejima K.;Mafficini A.;Maglinte D. T.;Maitra A.;Majumder P. P.;Malcovati L.;Malikic S.;Malleo G.;Mann G. J.;Mantovani-Loffler L.;Marchal K.;Marchegiani G.;Mardis E. R.;Margolin A. A.;Marin M. G.;Markowetz F.;Markowski J.;Marks J.;Marques-Bonet T.;Marra M. A.;Marsden L.;Martens J. W. M.;Martin S.;Martin-Subero J. I.;Martincorena I.;Martinez-Fundichely A.;Maruvka Y. E.;Mashl R. J.;Massie C. E.;Matthew T. J.;Matthews L.;Mayer E.;Mayes S.;Mayo M.;Mbabaali F.;McCune K.;McDermott U.;McGillivray P. D.;McLellan M. D.;McPherson J. D.;McPherson J. R.;McPherson T. A.;Meier S. R.;Meng A.;Meng S.;Menzies A.;Merrett N. D.;Merson S.;Meyerson M.;Meyerson W.;Mieczkowski P. A.;Mihaiescu G. L.;Mijalkovic S.;Mikkelsen T.;Milella M.;Mileshkin L.;Miller C. A.;Miller D. K.;Miller J. K.;Mills G. B.;Milovanovic A.;Minner S.;Miotto M.;Arnau G. M.;Mirabello L.;Mitchell C.;Mitchell T. J.;Miyano S.;Miyoshi N.;Mizuno S.;Molnar-Gabor F.;Moore M. J.;Moore R. A.;Morganella S.;Morris Q. D.;Morrison C.;Mose L. E.;Moser C. D.;Muinos F.;Mularoni L.;Mungall A. J.;Mungall K.;Musgrove E. A.;Mustonen V.;Mutch D.;Muyas F.;Muzny D. M.;Munoz A.;Myers J.;Myklebost O.;Moller P.;Nagae G.;Nagrial A. M.;Nahal-Bose H. K.;Nakagama H.;Nakagawa H.;Nakamura H.;Nakamura T.;Nakano K.;Nandi T.;Nangalia J.;Nastic M.;Navarro A.;Navarro F. C. P.;Neal D. E.;Nettekoven G.;Newell F.;Newhouse S. J.;Newton Y.;Ng A. W. T.;Ng A.;Nicholson J.;Nicol D.;Nie Y.;Nielsen G. P.;Nielsen M. M.;Nik-Zainal S.;Noble M. S.;Nones K.;Northcott P. A.;Notta F.;O'Connor B. D.;O'Donnell P.;O'Donovan M.;O'Meara S.;O'Neill B. P.;O'Neill J. R.;Ocana D.;Ochoa A.;Oesper L.;Ogden C.;Ohdan H.;Ohi K.;Ohno-Machado L.;Oien K. A.;Ojesina A. I.;Ojima H.;Okusaka T.;Omberg L.;Ong C. K.;Ossowski S.;Ott G.;Ouellette B. F. F.;P'ng C.;Paczkowska M.;Paiella S.;Pairojkul C.;Pajic M.;Pan-Hammarstrom Q.;Papaemmanuil E.;Papatheodorou I.;Paramasivam N.;Park J. W.;Park J. -W.;Park K.;Park K.;Park P. J.;Parker J. S.;Parsons S. L.;Pass H.;Pasternack D.;Pastore A.;Patch A. -M.;Pauporte I.;Pea A.;Pearson J. V.;Pedamallu C. S.;Pedersen J. S.;Pederzoli P.;Peifer M.;Pennell N. A.;Perou C. M.;Perry M. D.;Petersen G. M.;Peto M.;Petrelli N.;Petryszak R.;Pfister S. M.;Phillips M.;Pich O.;Pickett H. A.;Pihl T. D.;Pillay N.;Pinder S.;Pinese M.;Pinho A. V.;Pitkanen E.;Pivot X.;Pineiro-Yanez E.;Planko L.;Plass C.;Polak P.;Pons T.;Popescu I.;Potapova O.;Prasad A.;Preston S. R.;Prinz M.;Pritchard A. L.;Prokopec S. D.;Provenzano E.;Puente X. S.;Puig S.;Puiggros M.;Pulido-Tamayo S.;Pupo G. M.;Purdie C. A.;Quinn M. C.;Rabionet R.;Rader J. S.;Radlwimmer B.;Radovic P.;Raeder B.;Raine K. M.;Ramakrishna M.;Ramakrishnan K.;Ramalingam S.;Raphael B. J.;Rathmell W. K.;Rausch T.;Reifenberger G.;Reimand J.;Reis-Filho J.;Reuter V.;Reyes-Salazar I.;Reyna M. A.;Reynolds S. M.;Rheinbay E.;Riazalhosseini Y.;Richardson A. L.;Richter J.;Ringel M.;Ringner M.;Rino Y.;Rippe K.;Roach J.;Roberts L. R.;Roberts N. D.;Roberts S. A.;Robertson A. G.;Robertson A. J.;Rodriguez J. B.;Rodriguez-Martin B.;Rodriguez-Gonzalez F. G.;Roehrl M. H. A.;Rohde M.;Rokutan H.;Romieu G.;Rooman I.;Roques T.;Rosebrock D.;Rosenberg M.;Rosenstiel P. C.;Rosenwald A.;Rowe E. W.;Royo R.;Rozen S. G.;Rubanova Y.;Rubin M. A.;Rubio-Perez C.;Rudneva V. A.;Rusev B. C.;Ruzzenente A.;Ratsch G.;Sabarinathan R.;Sabelnykova V. Y.;Sadeghi S.;Sahinalp S. C.;Saini N.;Saito-Adachi M.;Saksena G.;Salcedo A.;Salgado R.;Salichos L.;Sallari R.;Saller C.;Salvia R.;Sam M.;Samra J. S.;Sanchez-Vega F.;Sander C.;Sanders G.;Sarin R.;Sarrafi I.;Sasaki-Oku A.;Sauer T.;Sauter G.;Saw R. P. M.;Scardoni M.;Scarlett C. J.;Scarpa A.;Scelo G.;Schadendorf D.;Schein J. E.;Schilhabel M. B.;Schlesner M.;Schlomm T.;Schmidt H. K.;Schramm S. -J.;Schreiber S.;Schultz N.;Schumacher S. E.;Schwarz R. F.;Scolyer R. A.;Scott D.;Scully R.;Seethala R.;Segre A. V.;Selander I.;Semple C. A.;Senbabaoglu Y.;Sengupta S.;Sereni E.;Serra S.;Sgroi D. C.;Shackleton M.;Shah N. C.;Shahabi S.;Shang C. A.;Shang P.;Shapira O.;Shelton T.;Shen C.;Shen H.;Shepherd R.;Shi R.;Shi Y.;Shiah Y. -J.;Shibata T.;Shih J.;Shimizu E.;Shimizu K.;Shin S. J.;Shiraishi Y.;Shmaya T.;Shmulevich I.;Shorser S. I.;Short C.;Shrestha R.;Shringarpure S. S.;Shriver C.;Shuai S.;Sidiropoulos N.;Siebert R.;Sieuwerts A. M.;Sieverling L.;Signoretti S.;Sikora K. O.;Simbolo M.;Simon R.;Simons J. V.;Simpson J. T.;Simpson P. T.;Singer S.;Sinnott-Armstrong N.;Sipahimalani P.;Skelly T. J.;Smid M.;Smith J.;Smith-McCune K.;Socci N. D.;Sofia H. J.;Soloway M. G.;Song L.;Sood A. K.;Sothi S.;Sotiriou C.;Soulette C. M.;Span P. N.;Spellman P. T.;Sperandio N.;Spillane A. J.;Spiro O.;Spring J.;Staaf J.;Stadler P. F.;Staib P.;Stark S. G.;Stebbings L.;Stefansson O. A.;Stegle O.;Stein L. D.;Stenhouse A.;Stewart C.;Stilgenbauer S.;Stobbe M. D.;Stratton M. R.;Stretch J. R.;Struck A. J.;Stuart J. M.;Stunnenberg H. G.;Su H.;Su X.;Sun R. X.;Sungalee S.;Susak H.;Suzuki A.;Sweep F.;Szczepanowski M.;Sultmann H.;Yugawa T.;Tam A.;Tamborero D.;Tan B. K. T.;Tan D.;Tan P.;Tanaka H.;Taniguchi H.;Tanskanen T. J.;Tarabichi M.;Tarnuzzer R.;Tarpey P.;Taschuk M. L.;Tatsuno K.;Tavare S.;Taylor D. F.;Taylor-Weiner A.;Teague J. W.;Teh B. T.;Tembe V.;Temes J.;Thai K.;Thayer S. P.;Thiessen N.;Thomas G.;Thomas S.;Thompson A.;Thompson A. M.;Thompson J. F. F.;Thompson R. H.;Thorne H.;Thorne L. B.;Thorogood A.;Tiao G.;Tijanic N.;Timms L. E.;Tirabosco R.;Tojo M.;Tommasi S.;Toon C. W.;Toprak U. H.;Torrents D.;Tortora G.;Tost J.;Totoki Y.;Townend D.;Traficante N.;Treilleux I.;Trotta J. -R.;Trumper L. H. P.;Tsao M.;Tsunoda T.;Tubio J. M. C.;Tucker O.;Turkington R.;Turner D. J.;Tutt A.;Ueno M.;Ueno N. T.;Umbricht C.;Umer H. M.;Underwood T. J.;Urban L.;Urushidate T.;Ushiku T.;Uuskula-Reimand L.;Valencia A.;Van Den Berg D. J.;Van Laere S.;Van Loo P.;Van Meir E. G.;Van den Eynden G. G.;Van der Kwast T.;Vasudev N.;Vazquez M.;Vedururu R.;Veluvolu U.;Vembu S.;Verbeke L. P. C.;Vermeulen P.;Verrill C.;Viari A.;Vicente D.;Vicentini C.;VijayRaghavan K.;Viksna J.;Vilain R. E.;Villasante I.;Vincent-Salomon A.;Visakorpi T.;Voet D.;Vyas P.;Vazquez-Garcia I.;Waddell N. M.;Waddell N.;Wadelius C.;Wadi L.;Wagener R.;Wala J. A.;Wang J.;Wang J.;Wang L.;Wang Q.;Wang W.;Wang Y.;Wang Z.;Waring P. M.;Warnatz H. -J.;Warrell J.;Warren A. Y.;Waszak S. M.;Wedge D. C.;Weichenhan D.;Weinberger P.;Weinstein J. N.;Weischenfeldt J.;Weisenberger D. J.;Welch I.;Wendl M. C.;Werner J.;Whalley J. P.;Wheeler D. A.;Whitaker H. C.;Wigle D.;Wilkerson M. D.;Williams A.;Wilmott J. S.;Wilson G. W.;Wilson J. M.;Wilson R. K.;Winterhoff B.;Wintersinger J. A.;Wiznerowicz M.;Wolf S.;Wong B. H.;Wong T.;Wong W.;Woo Y.;Wood S.;Wouters B. G.;Wright A. J.;Wright D. W.;Wright M. H.;Wu C. -L.;Wu D. -Y.;Wu G.;Wu J.;Wu K.;Wu Y.;Wu Z.;Xi L.;Xia T.;Xiang Q.;Xiao X.;Xing R.;Xiong H.;Xu Q.;Xu Y.;Xue H.;Yachida S.;Yakneen S.;Yamaguchi R.;Yamaguchi T. N.;Yamamoto M.;Yamamoto S.;Yamaue H.;Yang F.;Yang H.;Yang J. Y.;Yang L.;Yang L.;Yang S.;Yang T. -P.;Yang Y.;Yao X.;Yaspo M. -L.;Yates L.;Yau C.;Ye C.;Ye K.;Yellapantula V. D.;Yoon C. J.;Yoon S. -S.;Yousif F.;Yu J.;Yu K.;Yu W.;Yu Y.;Yuan K.;Yuan Y.;Yuen D.;Yung C. K.;Zaikova O.;Zamora J.;Zapatka M.;Zenklusen J. C.;Zenz T.;Zeps N.;Zhang C. -Z.;Zhang F.;Zhang H.;Zhang H.;Zhang H.;Zhang J.;Zhang J.;Zhang J.;Zhang X.;Zhang X.;Zhang Y.;Zhang Z.;Zhao Z.;Zheng L.;Zheng X.;Zhou W.;Zhou Y.;Zhu B.;Zhu H.;Zhu J.;Zhu S.;Zou L.;Zou X.;deFazio A.;van As N.;van Deurzen C. H. M.;van de Vijver M. J.;van't Veer L.;von Mering C.
2020-01-01
Abstract
Here, as part of the Pan-Cancer Analysis of Whole Genomes (PCAWG) Consortium, for which whole-genome and—for a subset—whole-transcriptome sequencing data from 2,658 cancers across 38 tumor types was aggregated, we systematically investigated potential viral pathogens using a consensus approach that integrated three independent pipelines. Viruses were detected in 382 genome and 68 transcriptome datasets. We found a high prevalence of known tumor-associated viruses such as Epstein–Barr virus (EBV), hepatitis B virus (HBV) and human papilloma virus (HPV; for example, HPV16 or HPV18). The study revealed significant exclusivity of HPV and driver mutations in head-and-neck cancer and the association of HPV with APOBEC mutational signatures, which suggests that impaired antiviral defense is a driving force in cervical, bladder and head-and-neck carcinoma. For HBV, HPV16, HPV18 and adeno-associated virus-2 (AAV2), viral integration was associated with local variations in genomic copy numbers. Integrations at the TERT promoter were associated with high telomerase expression evidently activating this tumor-driving process. High levels of endogenous retrovirus (ERV1) expression were linked to a worse survival outcome in patients with kidney cancer.
I documenti in IRIS sono protetti da copyright e tutti i diritti sono riservati, salvo diversa indicazione.
Utilizza questo identificativo per citare o creare un link a questo documento: https://hdl.handle.net/11571/1497608
Citazioni
178
238
233
social impact
Conferma cancellazione
Sei sicuro che questo prodotto debba essere cancellato?
simulazione ASN
Il report seguente simula gli indicatori relativi alla propria produzione scientifica in relazione alle soglie ASN 2023-2025 del proprio SC/SSD. Si ricorda che il superamento dei valori soglia (almeno 2 su 3) è requisito necessario ma non sufficiente al conseguimento dell'abilitazione. La simulazione si basa sui dati IRIS e sugli indicatori bibliometrici alla data indicata e non tiene conto di eventuali periodi di congedo obbligatorio, che in sede di domanda ASN danno diritto a incrementi percentuali dei valori. La simulazione può differire dall'esito di un’eventuale domanda ASN sia per errori di catalogazione e/o dati mancanti in IRIS, sia per la variabilità dei dati bibliometrici nel tempo. Si consideri che Anvur calcola i valori degli indicatori all'ultima data utile per la presentazione delle domande.
La presente simulazione è stata realizzata sulla base delle specifiche raccolte sul tavolo ER del Focus Group IRIS coordinato dall’Università di Modena e Reggio Emilia e delle regole riportate nel DM 589/2018 e allegata Tabella A. Cineca, l’Università di Modena e Reggio Emilia e il Focus Group IRIS non si assumono alcuna responsabilità in merito all’uso che il diretto interessato o terzi faranno della simulazione. Si specifica inoltre che la simulazione contiene calcoli effettuati con dati e algoritmi di pubblico dominio e deve quindi essere considerata come un mero ausilio al calcolo svolgibile manualmente o con strumenti equivalenti.
